Huolimatta Microsoftin ja Applen kilpailullisesta asetelmasta, Applen tuotteet integroituvat vaivattomasti Office 365:een. Osaltaan tätä edesauttaa palveluiden luonne selainpohjaisina ratkaisuina. Toisekseen useaan palveluun löytyy myös Apple iOS- ja macOS-natiiviohjelmat.
Toimistosovellukset ovat ehkä näkyvin ja tunnetuin osa Office 365:tä. Outlook-sähköposti, Word, Excel, Powerpoint sekä OneNote ovat useimmille käyttäjille tuttuja. Kyseisistä sovelluksista löytyy niin web-versio, kuin työpöytäohjelma macOS-, ja iOS-käyttöjärjestelmälle. Työpöytäohjelmistot tarjoavat laajemman toiminnallisuuden verrattuna web-verrokkiinsa. Outlook-ohjelman käyttö on mahdollista korvata Applen omilla vastaavilla tuotteilla, jotka ovat Apple Mail, Contacts ja Calendar. Paremman yhteensopivuuden ja laajemman toiminnallisuuden takia Microsoftin oma Outlook on kuitenkin suositeltavampi vaihtoehto.
Työskentely oman organisaation ulkopuolisten yritysten ja eri tiimien välillä on lisääntynyt runsaasti vuosien varrella. Skype for Business toimi yleisenä standardina vuosia tiimien ja asiakkaiden välisessä kommunikoinnissa. Skype for Businessin siirtyessä pikkuhiljaa eläkkeelle, on sitä korvaamaan tuotu Microsoft Teams. Teams on saatavilla web-, macOS- ja iOS-sovelluksina.
Office 365 tarjoaa tiedostojen tallennukseen OneDrive- sekä Sharepoint-palvelut. Applen tietokoneilla voidaan OneDrive-ohjelman avulla synkronoida tiedostoja koneen ja pilvipalveluiden (Sharepoint ja OneDrive) välillä. Mojave- ja Catalina-käyttöjärjestelmässä olevat koneet mahdollistavat myös Files On-Demand -toiminnon käyttämisen, jolloin tiedostot ladataan palvelusta koneelle vasta kun niitä käytetään ja avataan sovelluksessa. Tämä poistaa ongelman jolloin koneen kovalevy täyttyi hetkessä OneDriven alkaessa ladata mahdollisesti suurtakin määrää tiedostoja koneen sisäiselle levylle.
OneDrive-ohjelmisto on saatavissa myös iOS-laitteille. Tämän lisäksi mobiililaitteille on mahdollista asentaa erillinen SharePoint.app, jonka avulla on mahdollista seurata Sharepoint-sivustojen uutisointia ja muita toimintoja.
iOS- ja macOS-laitehallintaa on mahdollista toteuttaa MDM-ratkaisuilla (Mobile Device Management), joita on lukuisia. Office 365 ei sisällä vakiona tämänkaltaista palvelua, mutta maksullisena lisäpalveluna sellainen on saatavilla. Microsoft Intune mahdollistaa macOS- sekä iOS-laitteiden keskitetyn MDM-hallinnoinnin. MDM-ratkaisuilla on mahdollista ottaa käyttöön myös Azure-autentikoitujen tilien luominen tietokoneille. Tällöin konetta ei tarvitse sitoa Active Directory -palvelimeen, vaan tilin salasana synkronoituu Office 365:n käyttämän Azure Active Directoryn avulla.
Office 365 -ympäristö tarjoaa hyvän integraation Applen laitteille. Joissakin harvoissa tapauksissa saattaa ilmetä rajoitteita, kuten tiettyjen Outlook-ohjelman lisäohjelmien toiminnallisuuksissa tai Power Bi -ohjelman kanssa. Kyseisistä ohjelmista saattaa löytyä vain Windows-versio. Jos yhteensopimatonta lisäohjelmaa halutaan käyttää, on mahdollista asentaa Windows–virtualisointiohjelma (esim. Parallels) ja käyttää ohjelmaa sitä kautta. Business Premium -lisenssi ei yksilöi käyttöoikeutta joko Windowsille tai macOS:lle, joten käyttö kummallakin alustalla on mahdollista.